Transmissions d’entérobactéries productrices de carbapénèmases lors de cholangiopancréatographies rétrogrades endoscopiques : limite des prélèvements microbiologiques environnementaux et contribution du séquençage de nouvelle génération

Transmission of carbapenemase-producing enterobacteria during endoscopic retrograde cholangiopancreatography (ERCP): limitations of environmental microbiological sampling and contribution of next-generation sequencing

Auteurs: Mélanie Mercier-Darty 1, Florence Cizeau 2, 3, David Ducellier 2, 3, Bernadette Basse 1, Céline Poulain 3, Chloé Jansen 3, Fréderic Fourreau 3, Jean-Winoc Decousser 2, 3, 4


Affiliations :

  • 1 - Plateforme de génomique et de séquençage de nouvelle génération
  • 2 - Laboratoire de bactériologie et d’hygiène hospitalière
  • 3 - Équipe opérationnelle d’hygiène – CHU Henri Mondor – 51 avenue du Maréchal Delattre de Tassigny – 94010 Créteil – France
  • 4 - Équipe d’accueil (EA) 7380 Dynamyc Université Paris-Est Créteil (Upec) – École nationale vétérinaire d’Alfort (EnvA) – Faculté de médecine de Créteil – Créteil – France

Auteur principal : Dr - Jean-Winoc Decousser - Équipe opérationnelle d’hygiène – CHU Henri Mondor – 51 avenue du Maréchal Delattre de Tassigny – 94010 Créteil – France - Email : jean-winoc.decousser@aphp.fr

Résumé

Nous rapportons une épidémie de contamination par une entérobactérie productrice de carbapénèmase (EPC) mise en évidence par la comparaison par séquençage complet des génomes des souches impliquées. Méthode. Nous avons investigué la découverte d’une bactériémie à Klebsiella pneumoniae OXA-48 chez une patiente sans facteur de risque. L’enquête a mis en évidence six cas ayant en commun l’utilisation d’un même duodénoscope pour une cholangiopancréatographie rétrograde endoscopique (CPRE). L’endoscope a été prélevé, expertisé à deux reprises puis séquestré et les souches comparées par séquençage de leur génome et utilisation d’une approche par core genome multilocus sequence typing (cgMLST). Des audits de pratiques ont été réalisés. Résultats. Les souches de K. pneumoniae étaient considérées comme reliées chez cinq patients ; le sixième était porteur d’une souche d’Escherichia coli dont le support plasmidique de la résistance était semblable à celui retrouvé chez K. pneumoniae. Les pratiques étaient conformes. Les prélèvements microbiologiques et les expertises n’ont pas permis d’identifier de non-conformité. L’analyse épidémiologique et les données de comparaison des souches ont été jugées suffisamment pertinentes pour retirer définitivement l’endoscope incriminé. Conclusions. La technique de prélèvement des duodénoscopes pour CPRE gagnerait à être améliorée conformément aux recommandations récentes. La comparaison de souches par séquençage complet est un outil utile et objectif pour prouver une transmission croisée.

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Summary

Background and objectives. This report concerns the use of whole genome sequencing to detect the carbapenemase-producing enterobacteria responsible for a recent outbreak in our gastrointestinal endoscopic surgical unit. Methods. We investigated the discovery of an OXA-48 Klebsiella pneumoniae bacteraemia in a female patient presenting with no risk factor. Our investigations evidenced six other cases where the same duodenoscope had been used to perform an endoscopic retrograde cholangiopancreatography (ERCP). The endoscope involved was sampled and submitted to expert examination twice before being withdrawn from use. The strains found were compared by sequencing their genome and using core genome multilocus sequence typing (cgMLST). Practice audits were also undertaken. Results.The K. pneumoniae strains were found to be related in five patients; the sixth was contaminated by a strain of Escherichia coli with a resistance-linked plasmid sequence similar to that of K. pneumoniae. Practices were found to be in agreement with current guidelines; microbiological and expert analyses found no evidence of non-conformance. Epidemiological analysis and strain comparison data were deemed relevant enough to order the withdrawal of the incriminated endoscope. Conclusions. Sampling protocols for ERPC-dedicated duodenoscopes need to be updated to meet current French guidelines. Comparing strains using whole-genome sequencing is definitely a useful and objective way to demonstrate cross-contamination.

Carbapenemase-producing enterobacteria Endoscope disinfection Healthcare-associated infections Medical device Microbiological analysis Whole genome sequencing

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