Circulation des variants – Nouvelle stratégie de criblage par la recherche de mutations d’intérêt

Face à la diversité des variants émergents du Sars-CoV-2, la stratégie initiale de criblage ciblant les variants préoccupants VOC 20I/501Y.V1 (Alpha), VOC 20H/501Y.V2 (Bêta) et 20J/501Y.V3 (Gamma) évolue vers une nouvelle stratégie de criblage à la recherche de mutations d’intérêt. De nouveaux indicateurs partagés en open data seront bientôt disponibles.

De nombreux variants du Sars-CoV-2 circulent en France et de nouveaux variants porteurs de mutations sont régulièrement identifiés. Comment sont-ils surveillés et classifiés ? La surveillance des variants menée par Santé publique France s’appuie sur : (1) une stratégie globale intégrant le criblage des tests positifs permettant de suspecter de manière réactive les variants préoccupants (VOC) connus, (2) une cartographie des types de virus circulant en France et la détection de nouveaux variants via le séquençage, (3) une surveillance épidémiologique renforcée afin de repérer tout signal épidémiologique (hausse de l’incidence, par exemple) qui pourrait constituer une alerte, compte tenu de la forte suspicion de transmissibilité accrue de ces nouveaux variants.

Les mutations sont un phénomène attendu et semblent avoir un impact sur l’échappement immunitaire ou la transmissibilité du virus. Avec l’évolution de l’épidémie et des connaissances, la stratégie de criblage s’adapte pour plus de précision et d’efficience.

Pourquoi surveiller des mutations et non plus des variants ?

Les tests de criblage utilisés permettaient jusqu’alors de distinguer le variant 20I/501Y.V1 (Alpha) et de manière non distincte les variants 20H/501Y.V2 (Bêta) ou 20J/501Y.V3 (Gamma). Au regard de la diversité croissante des variants émergents du Sars-CoV-2, cette stratégie de criblage se doit d’évoluer. Ainsi, l’évolution de la stratégie de criblage consiste non plus à assigner l’infection à un variant spécifique mais à rechercher des mutations d’intérêt. Actuellement, trois d’entre elles sont qualifiées de mutation d’intérêt : E484K, E484Q et L452R. Elles sont surveillées à l’aide de nouvelles techniques de criblage développées pour les identifier et dont les résultats sont intégrés selon une nouvelle nomenclature spécifique pour chacune des trois mutations retenues. Cette nouvelle nomenclature permettra de suivre l’évolution de la proportion des infections dues à un virus porteur de ces mutations dans le temps et à l’échelle du territoire.

Les mutations E484K, E484Q et L452R ont été sélectionnées car elles sont associées à une possible augmentation de transmissibilité (L452R) ou à un possible échappement immunitaire (L452R, E484K et E484Q). Si de nouvelles mutations venaient à être associées à ce type d’impact sur la compétitivité du virus, il pourrait alors être nécessaire de les inclure dans de nouveaux kits de criblage.

Cette stratégie s’accompagne de la modification des remontées dans la base SI-DEP avec l’adoption d’une nomenclature spécifique pour chacune des trois mutations retenues (Tableau I).

Cette évolution permet un suivi plus réactif de la diffusion des variants porteurs de ces mutations d’intérêt au niveau national et dans les territoires les plus touchés. Afin de prendre en compte ce changement, des informations seront publiées sur le site de Santé publique France pendant une période transitoire, avant une prochaine mise à disposition de données consolidées en open data sur le site Géodes.

https://www.santepubliquefrance.fr/les-actualites/2021/circulation-des-variants-nouvelle-strategie-de-criblage-par-la-recherche-de-mutations-d-interet