L’enquête sur les Enterobacterales résistantes aux carbapénèmes 2025 (enquête CRE25) constitue la troisième enquête génomique sur les CRE, après l’enquête européenne sur les Enterobacteriaceae productrices de carbapénémases (EuSCAPE) menée en 2013-2014 et l’enquête sur les Enterobacterales résistantes aux carbapénèmes et/ou à la colistine (enquête CCRE) réalisée en 2019. Les laboratoires nationaux de référence (LNR) des 37 pays membres du réseau européen de surveillance des gènes de résistance aux antimicrobiens (EURGen-Net) sont invités à participer à l’enquête CRE25, incluant l’ensemble des pays de l’Union européenne (UE) et de l’Espace économique européen (EEE), les pays des Balkans occidentaux (Albanie, Bosnie-Herzégovine, Kosovo, Monténégro, Macédoine du Nord, Serbie) ainsi que la Turquie.
Ce plan d’analyse décrit les analyses intermédiaires et finales prévues pour l’enquête CRE25. Il présente l’analyse de base qui sera réalisée par l’ECDC, sans exclure des analyses complémentaires et plus approfondies portant sur des résultats spécifiques d’intérêt. Le plan d’analyse s’appuie sur celui de l’enquête CCRE précédente et tient compte de l’expérience acquise ainsi que des enseignements tirés des analyses des jeux de données EuSCAPE et CCRE. Les critères d’inclusion, les définitions et les variables sont décrits dans le protocole de l’enquête CRE25, de même que le processus de collecte des données et des isolats. La période de collecte des isolats pour l’enquête s’étend du 1er octobre 2025 au 31 décembre 2025. Les données épidémiologiques et de séquençage du génome entier (whole genome sequencing, WGS) seront soumises par les utilisateurs nationaux désignés via EpiPulse Cases, à l’aide des jeux de données AMRISO et AMRISO$AST, conformément au protocole.