Les patients vulnérables en unité de soins intensifs (USI) présentent un risque élevé d’infection par des bactéries telles que Escherichia coli et les espèces de Klebsiella colonisant l’intestin. Les procédures complexes en USI dépendent souvent du succès des traitements antimicrobiens, d’où l’importance de comprendre l’ampleur de la colonisation des patients par des bactéries multirésistantes (BMR) dans les grandes USI du Royaume-Uni. Des travaux antérieurs menés dans des USI à l’échelle mondiale ont révélé des taux élevés de colonisation par transmission de BMR, mais la situation dans les USI britanniques est moins bien connue. Ici, nous avons étudié la diversité et la présence de gènes de résistance aux antibiotiques (GRA) dans les bactéries présentes dans l’une des plus grandes USI du Royaume-Uni, à l’hôpital Queen Elizabeth de Birmingham (QEHB), en nous concentrant principalement sur E. coli, à la fois commensale fréquente et pathogène multirésistant largement diffusé à l’échelle mondiale. Des échantillons ont été prélevés pendant la période de mesures très restrictives de lutte contre la Covid-19, de mai à décembre 2021. Des séquençages du génome complet et métagénomiques ont été utilisés pour détecter et caractériser la colonisation des patients au niveau de la souche, en se concentrant sur les types de séquence (sequence types, ST) de E. coli, leurs dynamiques de colonisation et la présence de gènes de résistance aux antimicrobiens. Nous avons constaté une absence de multirésistance. Un seul organisme producteur de carbapénémase a été isolé, un Citrobacter porteur du gène blaKPC-2. Aucun élément ne permettait de conclure à une transmission de cette souche, et peu de données suggéraient une acquisition nosocomiale ou une circulation de E. coli colonisants. Bien que 22 ST différents de E. coli aient été identifiés, une seule souche appartenant à la lignée pandémique ST131 a été isolée. Cette souche ST131 n’était pas multirésistante et appartenait au clade A, associé à de faibles niveaux de résistance aux antibiotiques. Globalement, l’USI du QEHB présentait des niveaux très faibles de souches pandémiques ou multirésistantes, un résultat qui pourrait être en partie influencé par les mesures strictes de contrôle de la Covid-19 en vigueur à cette période. L’application, lorsque cela est raisonnable, de certaines de ces mesures de prévention et de contrôle des infections dans toutes les USI pourrait ainsi contribuer au maintien de faibles niveaux de multirésistance nosocomiale.
Snaith AE, Moran RA, Hall RJ, et al. Longitudinal genomic surveillance of a UK intensive care unit shows a lack of patient colonisation by multi-drug-resistant Gram-negative bacterial pathogens. Microb Genom. 2024;10(11):001314. Doi : 10.1099/mgen.0.001314.