En ce début de XXIe siècle, le choix des molécules désinfectantes utilisées en milieu hospitalier doit tenir compte d'un ensemble de paramètres : l'efficacité antimicrobienne, la sécurité d'emploi pour les patients et le personnel, mais aussi de l'écotoxicité dans un contexte de développement durable. Si le spectre des aldéhydes est l'un des plus larges (bactéricide, virucidie, fongicidie), il possède cependant des limites pour la sporicidie (formaldéhyde), la mycobactéricidie (glutaraldéhyde) et la fongicidie (glyoxal). Ce spectre reste néanmoins leur atout principal, en raison de la quasi-absence de développement de tolérance et de l'absence de résistance croisée avec les antibiotiques. C'est pourquoi ils sont employés majoritairement en Europe pour la désinfection des surfaces et des instruments malgré leur pouvoir de fixation des protéines. Cependant, sur le plan de la sécurité d'emploi, la situation est nettement plus défavorable. En particulier,en raison d'une toxicité importante pouvant s'exercer par voie respiratoire(sauf pour le glyoxal qui est non volatil), par voie dermique et par les muqueuses. Les résultats des études épidémiologiques ont conduit le centre international de la recherche sur le cancer à classer le formaldéhyde parmi les cancérogènes certains pour l'homme. Sur le plan environnemental, l'évaluation est également défavorable du fait de la persistance des aldéhydes dans les milieux aqueux et de leur forte écotoxicité. En conséquence, il est probable que les produits de substitution prendront une place croissante et qu'à part quelques indications résiduelles très particulières, on se dirige vers un hôpital « aldéhyde free ».