La comparaison et le typage microbien en 2022

Jean-Winoc Decousser

Jean-Winoc Decousser

Équipe opérationnelle d’hygiène (EOH) – Hôpitaux universitaires Henri-Mondor – AP-HP – 1 rue Gustave Eiffel - 94000 Créteil – France Autres articles de l'auteur dans Hygiènes Articles dans PubMeb
Jean-Winoc Decousser

La comparaison et le typage microbien en 2022

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Résumé

Pour ce second volet, nous allons aborder les techniques de typage et de comparaison de souches microbiennes disponibles et utilisées en 2022. Historiquement, la comparaison des souches ou isolats a concerné très majoritairement les bactéries : les techniques, nombreuses quoique le plus souvent artisanales (dites « maison »), étaient relativement faciles d’accès. Leur interprétation était néanmoins difficile et leurs résultats variables selon les laboratoires. Certaines approches étaient pourtant standardisées, certains fabricants de réactifs de laboratoire commercialisant des trousses prêtes à l’emploi voire des solutions complètement intégrées. Concernant les virus, la comparaison des isolats viraux a très longtemps été réservée aux centres de référence qui utilisaient la technique de séquençage d’un gène ou d’une partie précise du génome viral. La pandémie de SARS–CoV-21 a démocratisé le séquençage donc le typage des isolats et les comparaisons inter-échantillons des séquences d’intérêt. Pour les champignons et les parasites, les difficultés de réalisation et d’interprétation ont conduit à réserver cette activité aux centres hyperspécialisés et notamment aux centres nationaux de référence. Ce domaine de la microbiologie a connu sa révolution au début des années 2000 avec l’apparition, le développement puis la diffusion des techniques de séquençage de nouvelle génération (Next generation sequencing [NGS]) [1]. Ces techniques permettent de séquencer en même temps une grande quantité de matériel génétique pour ensuite reconstruire tout ou partie du génome des micro-organismes. La « déferlante » du NGS a tout emporté sur son passage et, au moins pour les bactéries, a remplacé la quasi-totalité des autres méthodes de comparaison des souches. Nous aurons l’occasion dans un prochain article de revenir sur la révolution technique apportée par le NGS.

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