Le rôle des infections pulmonaires bactériennes (et sans doute aussi virales) dans la dégradation de la fonction pulmonaire des patients atteints de mucoviscidose a été bien démontré. Certaines de ces infections sont acquises en milieu hospitalier ou lors de soins ambulatoires. Sous l'égide de l'Association Vaincre la mucoviscidose, des recommandations destinées aux professionnels de santé ont donc été établies afin de prévenir cette transmission nosocomiale. Chaque recommandation a été associée à un niveau de preuve. Outre le respect des précautions standard, la détermination des précautions particulières à observer est basée sur la connaissance du statut microbiologique des sécrétions du patient, c'est-à-dire au risque infectieux lié aux microorganismes présents classé de 1 à 4 (bactéries saprophytes et sensibles à la plupart des antibiotiques en classe 1, P. aeruginosa sensible à la plupart des antibiotiques en classe 2, bactéries multirésistantes en classe 3 et Burkholderia cepacia naturellement multirésistante et très pathogène en classe 4). Si la classe 1 relève des précautions standard, les classes 3 et 4 demandent un isolement de type gouttelettes et contact. La classe 2 nécessite une évaluation au cas par cas.