Objectif. Les entérocoques résistants à la vancomycine (ERV) constituent une cause importante d’infections associées aux soins. Nous avons adapté la surveillance des eaux usées comme outil permettant un suivi longitudinal des ERV dans les hôpitaux par la détection des gènes de résistance à la vancomycine vanA et vanB. Méthode. Les eaux usées de quatre hôpitaux de soins tertiaires (trois hôpitaux pour adultes et un hôpital pédiatrique, totalisant plus de 2 300 lits d’hospitalisation) ainsi que des trois stations municipales d’épuration des eaux usées de Calgary, au Canada (environ 1,8 million d’habitants), ont été échantillonnées chaque semaine de mars à septembre 2022, puis toutes les deux semaines de septembre 2022 à mars 2023. Les culots d’eaux usées ont été recueillis, l’ADN extrait, puis les gènes vanA et vanB quantifiés par PCR quantitative (qPCR). Le nombre de copies des gènes vanA et vanB a été évalué sous forme brute (copies/mL) puis normalisé à l’aide de trois biomarqueurs fécaux différents : l’ARN ribosomique 16S des bactéries totales, l’ARN ribosomique 16S de Bacteroides HF183 et l’ARN ribosomique 18S humain. Les abondances brutes et normalisées de vanA et vanB pour chaque site ont été comparées aux infections identifiées cliniquement, aux prescriptions de vancomycine et à l’activité d’hémodialyse. Résultats. L’abondance de vanA était jusqu’à 1 085 fois plus élevée (p<0,0001 ; test de Mann-Whitney) et celle de vanB jusqu’à 32 fois plus élevée (p<0,01 ; test de Mann-Whitney) dans les hôpitaux pour adultes que dans le signal municipal agrégé, tout en présentant une variabilité significativement plus importante. De fortes corrélations ont été observées entre chacune des méthodes de normalisation fécale et les mesures brutes de vanA et vanB, sans qu’aucune méthode de normalisation ne se révèle supérieure aux autres (corrélation de Spearman =0,50-0,96 ; p<0,0001). L’abondance de vanA était fortement corrélée à l’activité d’hémodialyse (corrélation de Spearman =0,8357 ; p<0,0001), mais non aux prescriptions de vancomycine. Conclusion. La surveillance fondée sur l’analyse des eaux usées constitue un outil global permettant une surveillance hospitalière longitudinale et en temps réel des ERV. Elle pourrait transformer la capacité des programmes de prévention et de contrôle des infections ainsi que de bon usage des antibiotiques à suivre de manière dynamique, comprendre et réduire la circulation des agents pathogènes nosocomiaux résistants aux antimicrobiens.
Au E, Acosta N, Waddell BJ, et al.
Longitudinal wastewater-based surveillance of vancomycin-resistant Enterococci in tertiary-care hospitals. Sci Total Environ. 2026;1041:181851. Doi : 10.1016/j.scitotenv.2026.181851.