Objectifs. Bien que leur sensibilité et leur spécificité soient limitées, les hémocultures demeurent le gold standard du diagnostic chez les patients septiques. L’objectif de cette étude était de dépasser ces limites diagnostiques par le recours au séquençage de nouvelle génération (NGS) non ciblé de l’ADN microbien circulant libre de cellule (mcfDNA) dans les échantillons plasmatiques. Méthodes. Nous avons mené une étude multicentrique, prospective, observationnelle et non interventionnelle (essai Next GeneSiS) visant à comparer le taux de positivité de l’identification des agents responsables par NGS à celui des hémocultures chez des patients présentant un sepsis ou un choc septique. Un comité indépendant d’experts (n=3) a évalué rétrospectivement la pertinence des résultats obtenus par NGS et le potentiel d’adaptation du traitement anti-infectieux en fonction de ces résultats. Résultats. Chez 491 patients septiques, le taux de positivité des diagnostics par NGS (NGS+) était de 70,5%, contre 19,4% pour les hémocultures positives (HC+) dans les trois premiers jours suivant le début du sepsis. Les résultats NGS+ ont été jugés plausibles dans 98,6% des cas par le comité d’experts. Selon leurs recommandations, la connaissance supplémentaire des résultats NGS aurait conduit à une adaptation du traitement anti-infectieux chez 32,6% des patients. Les patients NGS+/hémoculture négative (HC–) potentiellement insuffisamment traités présentaient un moins bon pronostic. Conclusion. L’intégration des diagnostics pathogéniques basés sur le NGS dans la prise en charge du sepsis pourrait améliorer les résultats cliniques par rapport à une stratégie thérapeutique reposant uniquement sur les méthodes microbiologiques de référence.
Brenner T, Decker SO, Vainshtein Y, et al.
Improved pathogen identification in sepsis or septic shock by clinical metagenomic sequencing. J Infect. 2025;91(3):106565. Doi : 10.1016/j.jinf.2025.106565.