La pneumonie acquise à l’hôpital (PAH) compte parmi les infections nosocomiales les plus fréquentes et entraîne une morbidité et une mortalité importantes chez les patients en réanimation. La PAH a été précédemment associée à une dysbiose du microbiote. Cependant, la composition du virome pulmonaire et son rôle dans la pathogenèse de la PAH demeurent mal connus. Dans cette étude, le virome endotrachéal a été analysé de façon longitudinale chez 87 patients en réanimation, dont 48 atteints de PAH. Au sein d’un virome dominé par les Caudoviricetes, une diminution de la bêta-diversité virale, orientée vers une signature dominée par les bactériophages, ainsi qu’un interactome viral-bactérien distinct ont été observés 4 à 5 jours avant l’apparition de la PAH. La composition du virome pulmonaire, la convergence virale précédant l’épisode infectieux et la conservation de 18% de la signature bactériophagique ont été confirmées dans une cohorte externe de 40 patients. Une analyse in silico de causalité a en outre identifié des bactériophages associés aux genres Streptococcus et Prevotella comme régulateurs majeurs de l’apparition de la PAH. Ces résultats suggèrent un nouveau mécanisme physiopathologique de la PAH, impliquant le virome dans la dysbiose du microbiote pulmonaire.
Anani H, Destras G, Bulteau S, et al. Lung virome convergence precedes hospital-acquired pneumonia in intubated critically ill patients. Cell Rep Med. 2025;6(9):102289. Doi : 10.1016/j.xcrm.2025.102289.